Kirkeministeriets væsentligste arbejds- og ansvarsområde er den danske folkekirke. Dette omfatter tre hovedområder: folkekirkens økonomi, folkekirkens styrelse og folkekirkens personale.
Kirkeministeriet administrerer budgettet for folkekirkens fælles økonomi, som dels omfatter statens bevillinger til folkekirken, dels midlerne fra landskirkeskatten, som indgår i folkekirkens fællesfond. Heraf afholdes udgifterne til folkekirkens præster samt til en række fælles folkekirkelige institutioner.
Inden for området folkekirkens styrelse og organisation udsteder Kirkeministeriet administrative forskrifter for folkekirken i tilknytning til den kirkelige lovgivning, som vedtages af Folketinget. Kirkeministeriet er endvidere øverste tilsynsmyndighed i en række anliggender. Ministeriet forbereder desuden sager, der reguleres ved kongelig anordning eller kongelig resolution, herunder ændringer af folkekirkens ritualer.
På personaleområdet varetager Kirkeministeriet en række fælles arbejdsgiverfunktioner for folkekirken. Det omfatter blandt andet forhandling om og fastlæggelse af løn- og ansættelsesvilkår for folkekirkens personale efter delegation fra Personalestyrelsen samt oprettelse og normering af præstestillinger. Kirkeministeriet er tillige ansættelsesmyndighed for præsterne i folkekirken.
Kirkeministeriet har den overordnede administration af den borgerlige personregistrering i Danmark, herunder undervisning og vejledning af ministerialbogsførerne samt drift og udvikling af registreringssystemet.
Kirkeministeriet administrerer begravelseslovgivningen og giver tilladelse til anlæggelse af begravelsespladser uden for folkekirken.
Bestyrelser m.v. under Kirkeministeriet